【税制改正速報】令和3年度税制改正大綱 東日本大震災からの復興支援のための税制
令和3年度税制改正大綱具体的内容東日本大震災からの復興支援のための税制についてまとめました。
なお、令和3年度税制改正大綱の基本的考え方については、【税制改正速報】令和3年度税制改正大綱の記事をご覧ください。
１個人所得課税
（国税）
〔拡充〕
（1）福島復興再生特別措置法の改正により移住及び定住を促進する環境を整備するための事業が追加された後の帰還・移住等環境整備推進法人に対する土地等の譲渡について、引き続き次に掲げる特例の対象とする（次の②の特例は、法人税についても同様とする。）。
①優良住宅地の造成等のために土地等を譲渡した場合の長期譲渡所得の課税の特例
②特定住宅地造成事業等のために土地等を譲渡した場合の1,500万円特別控除
（2）福島復興再生特別措置法の改正に伴い、福島県知事が作成できることとされた農用地利用集積等促進計画の定めるところにより農地中間管理機構が行う農地売買等事業のために農地等を譲渡した場合を農地保有の合理化等のために農地等を譲渡した場合の800万円特別控除の対象とする等の措置を講ずる（法人税についても同様とする。）。
〔廃止・縮減等〕
（1）特定住宅被災市町村の区域内の土地等を地方公共団体等に譲渡した場合の2,000万円特別控除について、次の見直しを行った上、その適用期限を５年延長する（法人税についても同様とする。）。
①東日本大震災からの復興に向けた取組を重点的に推進する必要があると認められる区域内にある土地等が買い取られる場合について、適用対象となる事業を市町村等の復興のための計画に記載された東日本大震災からの復興のための事業とする。
②東日本大震災からの復興に向けた取組を重点的に推進する必要があると認められる区域以外の区域内にある土地等が買い取られる場合について、適用対象となる事業を令和３年３月31日における市町村等の復興のための計画に記載された東日本大震災からの復興のための事業とする。
（2）復興指定会社が発行した株式を取得した場合の課税の特例は、所要の経過措置を講じた上、指定期限の到来をもって廃止する。
（地方税）
〔拡充〕
（1）福島復興再生特別措置法の改正により移住及び定住を促進する環境を整備するための事業が追加された後の帰還・移住等環境整備推進法人に対する土地等の譲渡について、引き続き次に掲げる特例の対象とする。
①優良住宅地の造成等のために土地等を譲渡した場合の長期譲渡所得の課税の特例
②特定住宅地造成事業等のために土地等を譲渡した場合の1,500万円特別控除
（2）福島復興再生特別措置法の改正に伴い、福島県知事が作成できることとされた農用地利用集積等促進計画の定めるところにより農地中間管理機構が行う農地売買等事業のために農地等を譲渡した場合を農地保有の合理化等のために農地等を譲渡した場合の800万円特別控除の対象とする等の措置を講ずる。
〔縮減等〕
特定住宅被災市町村の区域内の土地等を地方公共団体等に譲渡した場合の2,000万円特別控除について、次の見直しを行った上、その適用期限を５年延長する。
（1）東日本大震災からの復興に向けた取組を重点的に推進する必要があると認められる区域内にある土地等が買い取られる場合について、適用対象となる事業を市町村等の復興のための計画に記載された東日本大震災からの復興のための事業とする。
（2）東日本大震災からの復興に向けた取組を重点的に推進する必要があると認められる区域以外の区域内にある土地等が買い取られる場合について、適用対象となる事業を令和３年３月31日における市町村等の復興のための計画に記載された東日本大震災からの復興のための事業とする。
２資産課税
（国税）
〔延長・拡充等〕
（1）福島復興再生特別措置法の改正に伴い、福島県知事が作成できることとされた農用地利用集積等促進計画について、次に掲げる制度の適用上、農用地利用集積計画と同様の取扱いとする所要の措置を講ずる。
①農地等に係る相続税・贈与税の納税猶予制度
②利用権設定等促進事業により農用地等を取得した場合の所有権の移転登記に対する登録免許税の税率の軽減措置
③農地中間管理機構が農用地等を取得した場合の所有権の移転登記に対する登録免許税の税率の軽減措置
（2）東日本大震災の被災者等が新築又は取得をした建物に係る所有権の保存登記等に対する登録免許税の免税措置の適用期限を５年延長する。
（3）東日本大震災の被災者等が被災代替建物に係る土地を取得した場合の所有権の移転登記等に対する登録免許税の免税措置の適用期限を５年延長する。
（4）東日本大震災の被災者等が取得した農用地に係る所有権の移転登記等に対する登録免許税の免税措置の適用期限を５年延長する。
（5）被災関連市町村から特定の交換により土地を取得した場合の所有権の移転登記に対する登録免許税の免税措置の適用期限を５年延長する。
（6）福島復興再生特別措置法の改正に伴い、帰還環境整備推進法人の事業に移住及び定住を促進する環境を整備するための事業が追加された後も、引き続き、当該法人が取得をした不動産に係る所有権等の移転登記等に対する登録免許税の税率の軽減措置を適用する。
（7）東日本大震災の被災者等が建造又は取得をした船舶又は航空機に係る所有権の保存登記等に対する登録免許税の免税措置について、適用対象から漁船以外の船舶及び航空機に係る保存登記等を除外した上、その適用期限を５年延長する。
（8）東日本大震災の被災者等に対して行う特別貸付けに係る消費貸借に関する契約書の印紙税の非課税措置の適用期限を５年延長する。
（9）東日本大震災の被災者が作成する代替建物の取得又は新築等に係る不動産の譲渡に関する契約書等の印紙税の非課税措置の適用期限を５年延長する。
（10）東日本大震災の被災者が作成する被災農用地の譲渡に係る不動産の譲渡に関する契約書等の印紙税の非課税措置の適用期限を５年延長する。
（11）東日本大震災の被災者が作成する船舶又は航空機の取得又は建造に係る船舶又は航空機の譲渡に関する契約書等の印紙税の非課税措置について、適用対象から漁船以外の船舶及び航空機に係る契約書を除外した上、その適用期限を５年延長する。
〔廃止〕
（1）東日本大震災の被災者等が受ける本店等の移転の登記等に対する登録免許税の免税措置は、適用期限の到来をもって廃止する。
（2）株式会社商工組合中央金庫が受ける抵当権の設定登記等に対する登録免許税の税率の特例に係る適用期間の延長の特例は、適用期限の到来をもって廃止する。
（地方税）
〔延長・拡充等〕
〈固定資産税・都市計画税〉
（1）福島復興再生特別措置法の改正に伴い、帰還環境整備推進法人の事業に移住及び定住を促進する環境を整備するための事業が追加された後も、引き続き、当該法人が一定の施設の用に供する土地及び償却資産に係る固定資産税及び都市計画税の課税標準の特例措置を適用する。
（2）東日本大震災による被災住宅用地に代わるものとして取得した土地に係る固定資産税及び都市計画税の特例措置の適用期限を５年延長する。
（3）東日本大震災により滅失・損壊した家屋に代わるものとして取得等をした家屋に係る固定資産税及び都市計画税の減額措置の適用期限を５年延長する。
（4）東日本大震災による被災住宅用地等に係る固定資産税及び都市計画税の特例措置の適用期限を５年延長する。
（5）東日本大震災により滅失・損壊した償却資産に代わるものとして一定の被災地域内で取得等をした償却資産に係る固定資産税の課税標準の特例措置の適用期限を３年延長する。
〈不動産取得税〉
（6）東日本大震災の津波被災区域を含む地域における土地改良法の規定による換地計画に基づき、事業実施地区外の農業者が取得した創設農用地換地に係る不動産取得税の課税標準の特例措置の適用期限を２年延長する。
（7）東日本大震災により耕作又は養畜の用に供することが困難となった農用地に代わるものとして取得した農用地に係る不動産取得税の課税標準の特例措置の適用期限を５年延長する。
（8）福島復興再生特別措置法の改正に伴い、福島県知事が作成できることとされた農用地利用集積等促進計画について、次に掲げる制度の適用上、農用地利用集積計画と同様の取扱いとする所要の措置を講ずる。
①農地等に係る不動産取得税の徴収猶予制度
②農業経営基盤強化促進法の規定による公告があった農用地利用集積計画に基づき取得した農用地区域内にある土地に係る不動産取得税の課税標準の特例措置
（9）福島復興再生特別措置法の改正に伴い、帰還環境整備推進法人の事業に移住及び定住を促進する環境を整備するための事業が追加された後も、引き続き、当該法人が取得した土地に係る不動産取得税の課税標準の特例措置を適用する。
（10）東日本大震災により滅失・損壊した家屋に代わるものとして取得した家屋に係る不動産取得税の課税標準の特例措置の適用期限を５年延長する。
（11）東日本大震災により滅失・損壊した家屋の敷地の用に供されていた土地に代わるものとして取得した土地に係る不動産取得税の課税標準の特例措置の適用期限を５年延長する。
３法人課税
（国税）
（1）福島復興再生特別措置法の改正に伴い、次の制度を創設する（所得税についても同様とする。）。
①特定事業活動を行う法人が機械等を取得した場合の特別償却又は税額控除制度
福島復興再生特別措置法の規定により福島県知事が作成する特定事業活動振興計画に定められた特定事業活動を行うことについて適正かつ確実な計画を有すると認められること等の要件に該当するものとして福島県知事の指定を受けた法人が、その特定事業活動振興計画の提出のあった日から令和８年３月31日までの間に、福島県の区域内においてその特定事業活動に係る事業の用に供する施設又は設備の新設又は増設をする場合において、その新設又は増設に係る一定の機械装置、器具備品、建物等及び構築物の取得等をして、その特定事業活動に係る事業の用に供したときは、その普通償却限度額との合計でその取得価額まで（建物等及び構築物については、それぞれその取得価額の25％）の特別償却とその取得価額の15％（建物等及び構築物については、８％）の税額控除との選択適用ができることとする。ただし、税額控除における控除税額は当期の法人税額の20％を上限とし、控除限度超過額は４年間の繰越しができる。
（注）復興産業集積区域に係る特別償却若しくは税額控除制度、企業立地促進区域に係る特別償却若しくは税額控除制度、避難解除区域等に係る特別償却若しくは税額控除制度又は再投資等準備金制度との選択適用とする。
②特定事業活動を行う法人が特定被災雇用者等を雇用した場合の税額控除制度
福島復興再生特別措置法の規定により福島県知事の作成する特定事業活動振興計画の提出のあった日から令和８年３月31日までの間にその特定事業活動振興計画に定められた特定事業活動を行うことについて適正かつ確実な計画を有すると認められること等の要件に該当するものとして福島県知事の指定を受けた法人が、その指定があった日から同日以後５年を経過する日までの期間内の日を含む各事業年度のその期間内において、福島県の区域内に所在するその特定事業活動を行う事業所に勤務する特定被災雇用者等に対して給与等を支給する場合には、その支給する給与等の額のうちその各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されるものの10％の税額控除ができることとする。ただし、控除税額は当期の法人税額の20％を上限とする。
（注１）上記の「特定被災雇用者等」とは、平成23年３月11日において福島県の区域内に所在する事業所に勤務していた者又は同日において福島県の区域内に居住していた者をいう。
（注２）復興産業集積区域に係る特別償却若しくは税額控除制度、企業立地促進区域に係る特別償却若しくは税額控除制度、上記①の制度、避難解除区域等に係る特別償却若しくは税額控除制度、再投資等準備金制度、地方活力向上地域等において雇用者の数が増加した場合の税額控除制度又は上記三１（3）若しくは７の制度との選択適用とする。
③新産業創出等推進事業促進区域において機械等を取得した場合の特別償却又は税額控除制度
福島復興再生特別措置法の新産業創出等推進事業実施計画の認定を受けた法人が、福島県知事の作成する新産業創出等推進事業促進計画の提出のあった日から令和８年３月31日までの間に、その新産業創出等推進事業促進計画に定められた新産業創出等推進事業促進区域内において新産業創出等推進事業の用に供する施設又は設備の新設又は増設をする場合において、その新設又は増設に係る一定の機械装置、器具備品、建物等及び構築物の取得等をして、その新産業創出等推進事業の用に供したときは、その普通償却限度額との合計でその取得価額まで（建物等及び構築物については、それぞれその取得価額の25％）の特別償却とその取得価額の15％（建物等及び構築物については、８％）の税額控除との選択適用ができることとする。ただし、税額控除における控除税額は当期の法人税額の20％を上限とし、控除限度超過額は４年間の繰越しができる。
（注）復興産業集積区域に係る特別償却若しくは税額控除制度、企業立地促進区域に係る特別償却若しくは税額控除制度、上記①若しくは②の制度、避難解除区域等に係る特別償却若しくは税額控除制度又は再投資等準備金制度との選択適用とする。
④新産業創出等推進事業促進区域において避難対象雇用者等又は特定雇用者を雇用した場合の税額控除制度
福島県知事の作成する新産業創出等推進事業促進計画の提出のあった日から令和８年３月31日までの間に福島復興再生特別措置法の新産業創出等推進事業実施計画の認定を受けた法人が、その認定を受けた日から同日以後５年を経過する日までの期間内の日を含む各事業年度のその期間内において、その新産業創出等推進事業促進計画に定められた新産業創出等推進事業促進区域内に所在する新産業創出等推進事業を行う事業所に勤務する避難対象雇用者等又は特定雇用者に対して給与等を支給する場合には、その支給する給与等の額（研究開発税制の適用を受ける給与等の額を除く。）のうちその各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されるものの15％の税額控除ができることとする。ただし、控除税額は当期の法人税額の20％を上限とする。
（注１）上記の「特定雇用者」とは、次の者（避難対象雇用者等を除く。）をいう。
イ平成23年３月11日において福島国際研究産業都市区域内に所在する事業所に勤務していた者又は同日において福島国際研究産業都市区域内に居住していた者
ロその法人が行う新産業創出等推進事業に関する専門的な知識及び技能を必要とする業務に新たに従事する者（上記イの者を除く。）
（注２）復興産業集積区域に係る特別償却若しくは税額控除制度、企業立地促進区域に係る特別償却若しくは税額控除制度、上記①から③までの制度、避難解除区域等に係る特別償却若しくは税額控除制度、再投資等準備金制度、地方活力向上地域等において雇用者の数が増加した場合の税額控除制度又は上記三１（3）若しくは７の制度との選択適用とする。
⑤新産業創出等推進事業促進区域における開発研究用資産の特別償却制度等
イ 福島復興再生特別措置法の新産業創出等推進事業実施計画の認定を受けた法人が、福島県知事の作成する新産業創出等推進事業促進計画の提出のあった日から令和８年３月31日までの間に、開発研究用資産の取得等をして、その新産業創出等推進事業促進計画に定められた新産業創出等推進事業促進区域内において開発研究の用に供した場合には、その開発研究用資産の普通償却限度額との合計でその取得価額までの特別償却ができることとする。
ロ 上記イの適用を受ける法人が研究開発税制の適用を受ける場合には、その開発研究用資産の減価償却費は、特別試験研究費として取り扱うこととする。
（2）復興産業集積区域において機械等を取得した場合の特別償却又は税額控除制度について、福島県の地方公共団体の指定を受けた法人が取得等をする機械装置の特別償却率を50％（現行：普通償却限度額との合計でその取得価額までの特別償却）に引き下げた上、その適用期限を３年延長する（所得税についても同様とする。）。
（注）東日本大震災復興特別区域法の特定復興産業集積区域以外の地域において
令和３年４月１日前に地方公共団体の指定を受けている法人が、やむを得ない事情により、同日前に、その地域内において対象資産の取得等をして、産業集積事業又は建築物整備事業の用に供することができなかった場合には、同日から令和６年３月31日までの間に、取得等をして、これらの事業の用に供する一定の資産について従前どおり適用を受けることができる経過措置を講ずる。
（3）次の制度の適用期限を３年延長する（次の①の制度は、所得税についても同様とする。）。
①復興産業集積区域において被災雇用者等を雇用した場合の税額控除制度
②再投資等準備金制度
（注）東日本大震災復興特別区域法の特定復興産業集積区域以外の地域において令和３年４月１日前に地方公共団体の指定を受けている法人について、所要の経過措置を講ずる。
（4）復興産業集積区域における開発研究用資産の特別償却制度等について、福島県の地方公共団体の指定を受けた法人が取得等をする開発研究用資産の特別償却率を34％（中小企業者等については、50％）（現行：普通償却限度額との合計でその取得価額までの特別償却）に引き下げた上、その適用期限を３年延長する（所得税についても同様とする。）。
（注）東日本大震災復興特別区域法の特定復興産業集積区域以外の地域において令和３年４月１日前に地方公共団体の指定を受けている法人が、やむを得ない事情により、同日前に、その地域内において対象資産の取得等をして、開発研究の用に供することができなかった場合には、同日から令和６年３月31日までの間に、取得等をして、開発研究の用に供する一定の資産について従前どおり適用を受けることができる経過措置を講ずる。
（5）被災代替資産等の特別償却制度について、対象資産から車両運搬具を除外した上、その適用期限を２年延長する（所得税についても同様とする。）。
（6）福島復興再生特別措置法の改正により移住及び定住を促進する環境を整備するための事業が追加された後の帰還・移住等環境整備推進法人に対する土地等の譲渡について、引き続き、法人の一般の土地譲渡益に対する追加課税制度の適用除外措置（優良住宅地の造成等のための譲渡等に係る適用除外）の対象とする。
（7）特定の資産の買換えの場合等の課税の特例の適用期限を３年延長する（所得税についても同様とする。）。
（注）被災区域から特定被災区域への買換えに係る買換資産を東日本大震災復興特別区域法の東日本大震災からの復興に向けた取組を重点的に推進する必要があると認められる一定の区域内にある資産とする。
（8）次の制度は、適用期限の到来をもって廃止する（所得税についても同様とする。）。
①復興居住区域において被災者向け優良賃貸住宅を取得した場合の特別償却又は税額控除制度
②被災者向け優良賃貸住宅の割増償却制度
（9）既に期限が到来している震災特例法の措置について規定の削除を行うほか、所要の規定の整備を行う。
（地方税）
（1）福島復興再生特別措置法の改正に伴い、法人税に講じられる次の措置を、法人住民税及び法人事業税に適用する。
①特定事業活動を行う法人が機械等を取得した場合の特別償却又は税額控除制度福島復興再生特別措置法の規定により福島県知事が作成する特定事業活動振興計画に定められた特定事業活動を行うことについて適正かつ確実な計画を有すると認められること等の要件に該当するものとして福島県知事の指定を受けた法人が、その特定事業活動振興計画の提出のあった日から令和８年３月31日までの間に、福島県の区域内においてその特定事業活動に係る事業の用に供する施設又は設備の新設又は増設をする場合において、その新設又は増設に係る一定の機械装置、器具備品、建物等及び構築物の取得等をして、その特定事業活動に係る事業の用に供したときは、その普通償却限度額との合計でその取得価額まで（建物等及び構築物については、それぞれその取得価額の25％）の特別償却とその取得価額の15％（建物等及び構築物については、８％）の税額控除との選択適用ができることとする。
②特定事業活動を行う法人が特定被災雇用者等を雇用した場合の税額控除制度
福島復興再生特別措置法の規定により福島県知事の作成する特定事業活動振興計画の提出のあった日から令和８年３月31日までの間にその特定事業活動振興計画に定められた特定事業活動を行うことについて適正かつ確実な計画を有すると認められること等の要件に該当するものとして福島県知事の指定を受けた法人が、その指定があった日から同日以後５年を経過する日までの期間内の日を含む各事業年度のその期間内において、福島県の区域内に所在するその特定事業活動を行う事業所に勤務する特定被災雇用者等に対して給与等を支給する場合には、その支給する給与等の額のうちその各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されるものの10％の税額控除ができることとする。
③新産業創出等推進事業促進区域において機械等を取得した場合の特別償却又は税額控除制度
福島復興再生特別措置法の新産業創出等推進事業実施計画の認定を受けた法人が、福島県知事の作成する新産業創出等推進事業促進計画の提出のあった日から令和８年３月31日までの間に、その新産業創出等推進事業促進計画に定められた新産業創出等推進事業促進区域内において新産業創出等推進事業の用に供する施設又は設備の新設又は増設をする場合において、その新設又は増設に係る一定の機械装置、器具備品、建物等及び構築物の取得等をして、その新産業創出等推進事業の用に供したときは、その普通償却限度額との合計でその取得価額まで（建物等及び構築物については、それぞれその取得価額の25％）の特別償却とその取得価額の15％（建物等及び構築物については、８％）の税額控除との選択適用ができることとする。
④新産業創出等推進事業促進区域において避難対象雇用者等又は特定雇用者を雇用した場合の税額控除制度
福島県知事の作成する新産業創出等推進事業促進計画の提出のあった日から令和８年３月31日までの間に福島復興再生特別措置法の新産業創出等推進事業実施計画の認定を受けた法人が、その認定を受けた日から同日以後５年を経過する日までの期間内の日を含む各事業年度のその期間内において、その新産業創出等推進事業促進計画に定められた新産業創出等推進事業促進区域内に所在する新産業創出等推進事業を行う事業所に勤務する避難対象雇用者等又は特定雇用者に対して給与等を支給する場合には、その支給する給与等の額（研究開発税制の適用を受ける給与等の額を除く。）のうちその各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されるものの15％の税額控除ができることとする。
⑤新産業創出等推進事業促進区域における開発研究用資産の特別償却制度等
イ 福島復興再生特別措置法の新産業創出等推進事業実施計画の認定を受けた法人が、福島県知事の作成する新産業創出等推進事業促進計画の提出のあった日から令和８年３月31日までの間に、開発研究用資産の取得等をして、その新産業創出等推進事業促進計画に定められた新産業創出等推進事業促進区域内において開発研究の用に供した場合には、その開発研究用資産の普通償却限度額との合計でその取得価額までの特別償却ができることとする。
ロ 上記イの適用を受ける法人が研究開発税制の適用を受ける場合には、その開発研究用資産の減価償却費は、特別試験研究費として取り扱うこととする。
（2）株式会社東日本大震災事業者再生支援機構に係る法人事業税の資本割の課税標準の特例措置の適用期限を５年延長する。
（3）復興居住区域において被災者向け優良賃貸住宅を取得した場合の特別償却又は税額控除制度は、適用期限の到来をもって廃止する。
（4）国税における諸制度の取扱い等を踏まえ、その他所要の措置を講ずる。
４消費課税（国税）
〔延長〕
被災酒類製造者が移出する清酒等に係る酒税の税率の特例措置の適用期限を２年延長する。
〔廃止〕
消費税の中間申告書の提出を要しない場合の特例について規定の削除を行う。
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